Depuis 2007, les Conservatoires botaniques nationaux méditerranéen (CBNMed) et alpin (CBNA) et le Conservatoire d’espaces naturels de Provence-Alpes-Côte d’Azur (CEN PACA), en tant que membres fondateurs de Silene, accompagnent techniquement et scientifiquement le projet. Au fur et à mesure de la croissance de Silene, les tâches de gestion courante se sont diversifiées et complexifiées. Une mise à plat de la répartition des rôles pour optimiser les moyens disponibles était devenue nécessaire.
A partir de mi-2019, le CBNA prend en charge la coordination technique de Silene assurée jusqu’alors par le CBNMed. Le CEN PACA conserve l’animation partenariale et l’appui au pilotage de Silene, avec des moyens renforcés. L’administration des données continuera d’être assurée par chacun des conservatoires sur leurs périmètres géographiques et thématiques respectifs. Ces éléments seront actés par une convention commune.